Eine weitere Möglichkeit, die Erdwärme zu nutzen, ist die Entnahme der Energie aus dem Grundwasser.
Hierfür werden zwei Brunnen benötigt. Aus einem Brunnen wird Wasser entnommen. Die Wärmepumpe nutzt die darin enthaltene Energie. Über den zweiten Brunnen wird das Wasser wieder in die Erde zurückgeleitet.
Vor dem Einsatz einer sogenannten Wasser-Wasser-Wärmepumpe sollte die Wasserqualität unbedingt überprüft werden, optimal ist der Einsatz bei niedrigen Eisen- und Mangan-Werten. In Gütersloh und Umgebung sind diese Werte oft erhöht, so dass häufig auf geschlossene Erdwärmesysteme zurückgegriffen wird.